二氧化氯發生器和凈水器都能夠用來對污水進行凈化，但是，二者在原理上有著根本的區別。

二氧化氯發生器是利用裝置內的設備制取二氧化氯溶液消毒，而凈水器則主要依靠內部活性炭的吸附作用，對水中含有的有害物質進行清除。 從使用的廣泛性來說，二氧化氯發生器可以用來對工廠、醫院等污水的處理，但是凈水器大多用來對飲用水進行消毒殺菌，沒有發生器使用范圍廣。

對于很多污染嚴重的水類，二氧化氯發生器比凈水器更具優勢，消毒的效果更好。最后，凈水器需要定期更換內部的活性炭，二氧化氯發生器由于是一體化制取，不用更換內部裝置，使用起來比凈水器簡單方便。